La FAEBCO se fixe comme objectifs de promouvoir le développement dans le domaine de l’économie bleue dans toute sa diversification selon les compétences de chacun de ses membres, en faisant intéresser les hommes et femmes, entrepreneurs et artisans de l’économie bleue à se lancer entièrement et efficacement dans la production, l'innovation et la commercialisation.

 La FAEBCO permet de lutter contre la rareté des biens économiques sur le marché en augmentant la production ;  de créer des emplois direct et indirect dans le secteur de l’économie bleue ; de créer et de renforcer des unités de production des entrepreneurs et artisans à travers le pays. Elle est aussi compétente pour apporter l’assistance multiforme, de l’accompagnement technique et de l’aide financière aux Associations membres.